古いマストドンで国旗の絵文字がショートコードのisである件、クライアントがサポートするべきはネタで絵文字にならないショートコードを使ってる人じゃなくて、古いマストドンを普通に使ってる人なんじゃないかな。
古いタンスがアップデートしても古い投稿に書かれた絵文字ショートコードはそのまま残るので、サポートは続ける方が望ましい。
とはいえ意見が分かれるのも確かだし、カスタム絵文字以外のショートコードはUnicode絵文字に変換しない設定とか emojione由来のショートコードは変換しない設定はあってもいいんだろうな…